Афанасий Ордин-Нащокин происходил из скромного дворянского рода города Пскова, но в середине своей жизни получил думский чин боярина. Родился в 1605 году в Псковской губернии. Потомки Нащокина владели некрупными землями в Торопецком и Псковском уездах. Из исторических источников следует, что род Афанасия Лаврентьевича произошел от иммигрировавшего из Италии герцога Величко.
После крещения герцог именовался Дмитрием. Предок сын герцога, Дмитрий участвовал в восстании 1327 года, на котором получил ранение в щеку, после этого прозвали его Нащока. Вследствие древнейшей традиции, прозвище становилось частью фамилии. Потомки Дмитрия Дмитриевича Нащокина приобрели фамилию Ордин-Нащокин, Олферов и Безнин.
Приставка Ордин получилась вследствие увековечивания памяти погибшего под Ордой в 1514 году Андрея Филипповича, предка нашего героя, прозвище которого было Орда. Отец Лаврентий Денисович всегда заботился об образовании своих сыновей. Поэтому Афанасий безукоризненно владел несколькими языками и был обучен многим наукам. Характерными особенностями нашего героя были любознательность, наблюдательностью и упорство.