Здесь можно выделить 4 климатических пояса, заметно различающихся между собой.
Долинно-предгорный пояс (от 500—600 м до 900—1200 м) характеризуется жарким летом (до 28°С), умеренно-прохладной и бесснежной зимой с большим дефицитом осадков. Этот пояс, особенно в Приферганье, имеет черты субтропического климата. Средняя тем пература июля 20—25°С, января -4 ...—7°С. Предельно высокая температура летом достигает до 44°С, с ростом высоты уменьшается до 27— 30 ° С. Абсолютные минимумы зимой составля ют —22...—30°С, местами — 40°С (Токтогулская, Чуйская гидрометеорологические станции).
Среднегорный пояс (от 900—1200 м до 200— 2200 м) имеет типичный умеренный климат с тёплым летом и умеренно-холодной, устойчи вой снежной зимой. Средняя температура июля 18—19°С, января —7...—8°С, а в декабре и фев рале достигает до —3...—5°С. На высоте 1000— 1500 м над уровнем моря безморозный период продолжается 7 месяцев и более. При достаточ ности влаги создаются условия для произраста ния многих видов теплолюбивых растений. В верхней части безморозный период длится око ло 6 месяцев.
Высокогорный пояс (от2000—2200м до 3000—3500 м) отличается прохладным летом и холодной, местами многоснежной зимой. Средняя температура июля 11 —16°С, января - 8...— 10°С. Зима продолжительная (ноябрь-март). В верхней части безморозный период сокращается до 3—4 месяцев и менее, а выше он может и отсутствовать. Иногда, в летние меся цы температура воздуха может опускаться ниже 0°С.
Нивальный пояс (от 3500 м и выше) характеризуется суровым, очень холодным кли матом. Это пояс снежников, скал, ледников. В нижней части средняя температура июля 4— 7°С, января —10...—22°С.