Если в биологии, то в том, что комплементарные фрагменты образуют не ковалентные связи, а пространственно подходят друг другу и образуют слабую связь, которая суммарно имеет очень большую энергию. Скажем в ДНК пуриновые основания (аденин и гуанин) вседа соединяются с пиримидиновыми (тимин, цитозин, урацил). Но, поскольку пространственно аденину подходит тимин и урацил, то с ними он и соединяется, а с цитозином они не могут друг в друга войти и образовать связь, т.к. их структура друг другу не подходит.
Иначе говоря, Согласно принципу комплиментарности пурины (молекулы, химический каркас которых включает 3 углеродных кольца, в ДНК и РНК это аденин и цитозин) взаимодействуют только с пиримидинами (у них 2 углеродных кольца, в ДНК это тимин и гуанин, а в РНК - урацил).
И важно помнить: Аденин всегда образует связи только с тимином, в случае с ДНК, или только с урацилом, в случае с РНК. А гуанин образует связь только с цитозином.