Шөлейттің климаты құрғақ, тым континентті. Жауын-шашын аз, жылдық жауын-шашынның мөлшері 180-300 мм аралығында. Көктемнің аяғы мен жаздың басында жауын-шашын мол түседі, кыста және жазда аз жауады. Жаз барлық жерде ыстық. Шілденің орташа температурасы 22°-24°С, кейде ыстық 40°С-қа дейін жетеді. Қысы суық, ашық аязды күндер басым болады. Қаңтардың орташа температурасы -15°-17°С, ең төменгі температура зонаның шығысында (-50°С) байқалады. Шөлейт зонасында жазда өзендердің көбінің суы тартылып, кеуіп кетеді.
Тұрақты ағатын ең ірі өзендері - Ойыл,Жем, Topғай, Сарысу, Аягөз. Шөлейт зонасында 3000-нан астам көл бар. Олардың көпшілігінің суы кермек немесе ащы болады.