Родился в Майкопе 12 (24) марта 1872 года в большой семье купца II гильдии, владельца спиртзавода Георгия Никитовича Шапошникова — первого городского головы Майкопа, армянин по национальности. Династия Майкопских Шапошниковых ведёт своё начало от нахичеванского армянина Никиты Шапошникова.
С детства Хачатур увлекался коллекционированием бабочек, что впоследствии переросло в серьёзное увлечение энтомологией. В 1892 г. окончил реальное училище в Екатеринодаре, в 1901 г. — Рижский политехнический институт (став агрономом первого разряда), в 1903—1906 гг. был слушателем Берлинского университета. Побывал в зоологических экспедициях по Северной Африке, Средней Азии, Закавказью, Турции.
Возвратившись в 1907 г. из Берлина в Майкоп, Хачатур Георгиевич устроился лесничим в Белореченское лесничество Войска Кубанского. В наследство от разорившегося отца Шапошников получил большой дом в центре Майкопа, половину которого превратил в общедоступный музей.
В 1909 г. Хачатур Георгиевич послал письмо в Российскую Академию наук с обоснованием необходимости заповедать арендуемую у Войска Кубанского территорию, где существовала хорошо охраняемая великокняжеская «Кубанская охота», которую в связи с окончанием срока аренды предполагалось передать казачьим станицам. Необходимость создания заповедника Шапошников аргументировал угрозой исчезновения кавказского зубра. В письме были очерчены и границы заповедника. На его основе академик H. Насонов сделал доклад, побудивший Академию наук к созыву особой комиссии по организации, в которой, как войсковой лесничий, принял участие и сам Х. Г. Шапошников. Однако, по ряду причин, связанных с разделом земли кубанскими казаками, дело тогда существенно не продвинулось.
С 1914 по 1917 гг. Х. Г. Шапошников воевал на турецком фронте прапорщиком, затем был переведён в Москву, в Главное артиллерийское управление. Во время февральской революции Шапошников вывел солдат освобождать московские тюрьмы. В сентябре 1918 г. в Майкопе он спас жизнь крупному кавказскому большевику Шевцову, который затем, при освобождении Майкопа красными, добился у Ворошилова и Буденного охранной грамоты на зоологическую коллекцию своего спасителя, а также оказал помощь с организацией Кавказского заповедника.
Тогда Хачатуру Георгиевичу пришлось проявить предпринимательскую инициативу. Ему удалось арендовать «под охоту» весь район, однако сменилась власть, и пришлось начинать все сначала.
Уже в начале 1920 г. о проекте Кавказского заповедника узнали в Наркомпросе РСФСР. 21 апреля 1920 г. работник этого наркомата Тер-Оганезов телеграфировал Луначарскому:
"…грозит полное уничтожение кавказского зубра… Впредь до приезда из Москвы представителя Наркомпроса для разработки… плана устройства заповедника необходимо немедленно поручить организацию временной охраны зубрового заповедника агроному, бывшему лесничему Христофору Георгиевичу Шапошникову, известному в московских научных кругах в качестве опытного охотника и естествоиспытателя— Государственный архив Российской Федерации[1]
Состоя в политпросвете будённовской армии лектором, Шапошникову удалось заинтересовать идеей заповедника некоторых членов Реввоенсовета. Благодаря поддержке деятеля охраны природы А. П. Протопопова и уполномоченного Реввоенсовета Штейнгауза, 3 декабря 1920 г. Кубано-Черноморский Ревком утвердил Постановление № 408 о создании Кубанского высокогорного заповедника.
Шапошников с большим старанием выбирал егерей, научных сотрудников, добывал средства, не прекращая работу даже свалившись в сыпняке, которым заразился во время поездки в Краснодар. Управление заповедником в первые годы он разместил в своём доме, во второй по величине комнате. В двух поменьше жила семья, а в самой большой находились коллекции и научная библиотека.
Дом у семьи Шапошниковых отобрали (заставив предварительно отремонтировать) и заселили сотрудниками НКВД. Все рукописи, книги и многие коллекции учёного были уничтожены. Пропали и две почти готовые к публикации монографии.Наши дни осталось мало чего.