Простейшие, которые питаются бактериями и органическими остатками очищают водоемы от загрязнений. Среди таких простейших особую роль играют инфузории.
Простейшие быстро размножаются в благоприятных условиях среды и служат пищей для малькам рыб и другим водным обитателям.
Эвглены не только очищают водоемы и служат пищей для других животных, но и, осуществляя фотосинтез, уменьшают количество углекислого газа и увеличивают содержание кислорода в воде.