Селим провел внутренние реформы, чтобы усилить свое правительство. Он запросил предложения у всех руководящих учреждений. В качестве основы для изменений он сформировал новую Казну, наполняемую в значительной степени от штрафов и конфискаций имущества ленников султана, которые перестали выполнять свои военные обязательства; открыл современные школы и начал направлять молодых турок в Европу для дальнейшего обучения. До начала реформ образование в Османской империи не было урегулировано государством, и создание академий военно-морской и военной техники, медицинских колледжей дали толчок открытию подобных учреждений и для дипломатов и управленцев.
Селим составил первый план государственного образования, предусматривавший законченную систему начальных школ, средних школ и университетов, для управления которыми было образовано Министерство образования. Еще более амбициозный план, реализация которого была начата в 1869 году, предусматривал бесплатное и обязательное начальное образование. Обе схемы укоренялись очень медленно из-за отсутствия денег, но тем не менее было открыто более 36000 школ, хотя большинство из них были маленькими, традиционными начальными школами. Немусульмане также получили доступ в школы, учрежденные иностранными миссионерскими группами в империи.