Після ліквідації Січі запорожцям пропонували записатися до селянського та міщанського станів, а багато старшини зазнали переслідувань. Запорозьке військо було оголошено розпущеним. Землі Запорозької Січі царський уряд почав роздавати поміщикам, а козаків покріпачувати.
Найнепокірніші запорожці, яких було близько 5 тисяч, подалися за межі Російської імперії - за Дунай, на землі, що були під владою турецького султана. Там вони заклали Задунайську Січ.
У 1785 році 8 тисяч колишніх запорожців перйшли на землі в провінції Банат, на береги Тиси в ніжній її частині (нині це територія Сербії). Вони стали австрійськими підданими. Так виникла Банатська Січ.
Організація й швидке зміцнення Задунайської Січі вимагало від Російської імперії організації якоїсь протидії, бо та викликала симпатії українського народу. Катерина II 5 травня 1779 року і 27 квітня 1780 року маніфестами звернулася до козаків вже з проханням повернутися у рідний край, обіцяючи дати кожному з них землю і службу за російськими чинами. Проте запорожці відгукувались неохоче. У 1783 року козаків офіційно взяли на військову службу, як Військо вірних козаків. Під час російсько-турецької війни 1787-1791 років воно було перейменовано в Чорноморське козацьке військо, якому було дозволено оселитися на землях між Південним Бугом та Дністром.
По закінченню війни у 1792 році Чорноморське козацьке військо було переселено на Кубань., а у 1860 році воно вже отримало назву Кубанського козацького війська.
В 1828 р. частина козаків Задунайської Січі, що сиділи коло Акерману, приняли російське підданство й утворили Дунайське військо. Того самого року частина задунайських козаків, під проводом Осипа Гладкого, вернулася на Україну. В 1831 р. вони дістали дозвіл осісти над Азовським морем, між Бердянськом та Маріуполем, під назвою Азовського війська; в 1860-их роках вони злучилися з кубанцями