Эвглена зелёная - типичный растительный жгутиконосец, имеет зелёное веретеновидное, длинное тело, задний конец которого обычно заострён, на переднем тупом конце расположен жгутик. У переднего конца имеется красный глазок (светочувствительный органоид, стигма). Длина тела 50-60 микрометров, ширина 14-18 микрометров. Форма тела подвижна: эвглена может сжиматься, становясь короче и шире.