Основной фонд библиотеки прекратил существование в ходе боевых действий 273 года — император Аврелиан полностью уничтожил Брухейон. С XVIII века распространилась версия, что часть библиотеки, хранившаяся в Серапеуме, была уничтожена во время столкновений 391 года между христианами и язычниками, но она не подтверждается однозначно античными источниками. По легенде, уничтожение библиотечных фондов завершилось в ходе арабского завоевания в первой половине VII века