Поражение революционного крестьянско-плебейского движения сильно сузило социальную базу цвйнглианской реформации и в значительной степени предопределило её провинциальную ограниченность. Это сказалось, однако, не сразу. Последующие несколько лет ознаменовались довольно крупными успехами цвинглианской реформации в Швейцарии. В 1528 г. она была официально проведена в Берне, а затем в Базеле, Санкт-Галлене, Гларусе и Шафхаузене. Протестантские кантоны создали особую организацию внутри конфедерации и стали проводить согласованную политику. Окрылённые этими успехами сторонники Цвингли уже готовились приступить к объединению Швейцарии под главенством Цюриха. Однако эти планы цвинглианцев, лишившихся поддержки народных масс, встретили враждебное отношение со стороны лесных кантонов и недоверчивое — со стороны Берна, который опасался чрезмерного усиления Цюриха. В 1531 г. дело дошло до открытого военного столкновения Цюриха с пятью лесными кантонами. Цюрих вступил в войну неподготовленным и расколотым на враждебные группировки. Битва при Каппеле в 1531 г. закончилась полным военным поражением Цюриха. В бою пал и сам Цвингли. После этого союз протестантских кантонов распался, а проповедь цвинглианства в кантонах, оставшихся католическими, была воспрещена. Решение вопроса о национальном объединении и укреплении национальной общности страны задержалось на целые столетия. Центр реформационной деятельности переместился в Женеву.