Форма клеток протиста очень разнообразна, может быть от неопределённой как у амёбы до удлинённой, обтекаемой, веретеновидной (трипаносома), некоторые имеют наружную раковину (фораминиферы), а живущие в толще воды — причудливые выросты.
Чаще всего состоят из одной клетки с одним или двумя ядрами