Он стал отвергать внешнее откровение: лишь тот, кто истерзан сердцем, кто в душевных бурях познал Бога — истинный Его избранник. Писание лишь убивает, но не оживляет. Божьим избранникам должны служить государи; народы, не подчиняющиеся им, должны погибнуть. В 1520 г. Мюнцер, в качестве проповедника в Цвиккау (в Саксонии), выступает как пламенный демагог, как самый яркий выразитель настроения, охватившего ремесленные слои города; его грубая речь, ветхозаветные аллегории как раз отвечали простонародным представлениям (см. Цвиккауские пророки). Отставленный магистратом, Мюнцер едет в Прагу, где громит "попов и обезьян". Затем Мюнцер появляется в г. Альштедте (в Тюрингии), собирает прежних своих сторонников и проповедует установление на земле царства "святых": "Израиль" (избранники) должен истребить безбожных "ханаанитов". Руководимые Мюнцером энтузиасты разрушают иконы и жгут церкви, как "пещеры дьявола". Мюнцер развивает здесь и социальный идеал: всюду должно водвориться равенство и братство, правители должны сравняться с последним христианином. В своих посланиях к властям и городам Мюнцер заявляет, что призван Богом к истреблению тиранов; право меча — у общин, а не у князей. Памфлеты его были подписаны: Мюнцер с молотом, Мюнцер с мечом Гедеона. Один из памфлетов был посвящен "светлейшему, высокорожденному владыке и всемогущему Господу Иисусу Христу". Лютеру и умеренной, чисто церковной реформе был объявлен полный разрыв. Лютер называл Мюнцера "альштедтским сатаной", а Мюнцер Лютера — виттенбергским папой, архиязычником, льстецом князей, освободившим совесть только от папы, но держащим ее в плотском плену.
После новых странствований по южной Германии, где Мюнцер завязал сношения с революционерами и вождями подготовлявшегося крестьянского восстания, он утверждается в конце 1524 г. опять в средней Германии, в имперском городе Мюльхаузене. Здесь он становится, вместе с бывшим монахом Пфейфером, во главе простого народа и заставляет капитулировать зажиточных бюргеров и магистрат. Избирается новый "вечный, христианский" магистрат, из "бедных" и "земледельцев". В городе проводится общность имуществ; Мюнцер отбирает монастырские владения, в соседних землях захватывает дворянские замки и монастыри. В новом строе Мюнцер не занимал определенной должности, а держал себя как пророк и вдохновитель; отпустив длинную бороду, "как отцы-патриархи", в богатой одежде, он торжественно появлялся в народе и творил суд на основании закона Моисеева; перед ним носили красный крест и обнаженный меч. Его проповеди гремели против роскоши, золота, "идолов в домах и сундуках"; главной его темой было — кровавое истребление всех врагов Христа. Скоро к городскому радикализму примкнули крестьяне. Восстание крестьян вспыхивает в Тюрингии одновременно с южно-германским, но отмечено здесь отличительной чертой, которую именно выражал, главным образом, Мюнцер: оно носит теократический характер, в духе чешского таборитства, с обращением к ветхозаветным образам. В то время, как князья средней Германии собрали военные силы для обуздания тюрингенских крестьян и подвигались к центру влияния Мюнцера, он ждал появления из-за гор франконских крестьян и пересылался с югом. Наконец, он решился выйти навстречу княжескому войску при Франкенхаузене, во главе 8000 крестьян, большей частью плохо вооруженных и без конницы. На требование выдать Мюнцера крестьяне ответили отказом; он обратился к ним еще раз с горячим воззванием, уверяя, что Бог отклонит от них выстрелы. Во время битвы, кончившейся полным разгромом крестьян, Мюнцер потерялся и скрылся в городе; но его нашли, пытали и обезглавили.