Разнообразие расцветки водорослей связано с наличием различных пигментов в хроматофорах (хлоропластах). Водоросли живут на разных глубинах, куда солнечный свет проникает по разному. Чем глубже, тем меньше солнечного цвета. Зеленые водоросли содержат хлорофилл, живут на поверхности. Глубже обитают бурые водоросли, поглощающие синий спектр и содержащие фукоксантин, обуславливающий их цвет. Наиболее глубокообитающие водоросли-красные, содержат фикобилины и каротиноиды. Цвет водоромлей желтый, красный, синезеленый