Городской округ Балашиха находится в пределах Мещерской низменности и представляет собой песчано-галечную равнину ледникового происхождения с уклоном к востоку. Почвы в основном песчаные, дерново-подзолистые, местами подзолисто-болотные.
Основная река городского округа — левый приток Москвы-реки Пехорка, образующая в пределах городской черты несколько обширных и живописных прудов. В неё впадает речка Горенка (в результате неправильной установки дорожного указателя на Горьковском шоссе в последние годы ошибочно именуется Чернавкой), вытекающая в настоящее время из расположенного к северо-западу от города Мазуринского озера. Речка связана специальным каналом с водохранилищем-«ковшом» приВосточной водопроводной станции. По этому каналу сбрасываются излишкиволжской воды, поступающей на станцию с Акуловского гидроузла, обводняя при этом Пехорку и Москву-реку.
Помимо рек на территории городского округа находятся многочисленные озера:
Озеро БабошкиноОзеро МарьиноОзеро Юшино (второе)Озеро Безменовский карьер (Козлово, третье)Мазуринское озеро (в 2010 годпроизошел сброс вод из отстойников расположенных рядом)Несколько более мелких озёр
Балашиху окружают леса, в основном смешанные. С запада — елово-широколиственные, с востока — сосново-широколиственные. Много древесной растительности и в пределах самого города: лесные массивы вклиниваются во все основные районы Балашихи.
Вокруг города, кольцом, расположились старинные усадебные парки. С юга — парки Горенок и Пехры-Яковлевского,Салтыковки, на севере — парк усадьбыПехра-Покровское. В каждом из этих парков высаживались растения, в диком виде не встречающиеся в здешних местах. Многие из них хорошо прижились на новом месте. До сих пор вокруг Балашихи встречаются интродуценты — растения, привнесённые сюда человеком.