Большой вред причиняют шмелям муравьи. Они воруют мед у самки, насиживающей яйца, похищают яйца и личинок. Шмели не могут бороться с этим мелким и многочисленным хищником и поэтому строят свои гнезда над землей, подальше от муравейников, а также под землей, в норах грызунов с длинными ходами, куда муравьям трудно пробраться.
Некоторые виды ос воруют шмелиный мед (бумажные осы) или поедают расплод (осы-немки). Так же поступают и мухи-брахикомы. Большую опасность для шмелей представляют мухи-конопиды: они преследуют шмеля в воздухе, приклеивают к нему на лету яйцо, из которого выходит личинка, поедающая своего носителя. Уничтожают шмелиное потомство гусеницы бабочки огневки-амофии. Самок шмеля поражает червь-паразит нематода-сферулярия, в результате чего насекомые гибнут еще до закладки гнезда. Губят самок шмеля во время их зимовки в дерне и паразитические грибы-гифомицеты. Обычны в гнездах шмелей гамазовые клещи. Среди птиц шмелиный враг это – золотистая щурка. Птица наносит существенный урон шмелиным популяциям, склевывая насекомых, собирающих нектар. Разоряют шмелиные гнезда лисицы, ежи и собаки. Большой вред шмелям наносят паразиты и нахлебники – родственные настоящим шмелям шмели-кукушки.