Гондурас расположен в Центральной Америке и занимает северную часть центральноамериканского перешейка. На юге Гондурас граничит сНикарагуа, на западе с Гватемалой, на юго-западе — с Сальвадором; на севере и востоке омывается Карибским морем и его Гондурасским заливом, на юго-западе выходит к заливу Фонсека в Тихом океане. В состав страны входят также многочисленные острова в Карибском море и заливе Фонсека, в том числе отдалённые острова Суон на северо-востоке.Большую часть территории составляет нагорье (высотой до 2865 м), сложенное преимущественно архейскими кристаллическими и метаморфическими породами, на юге кайнозойскими лавами.Гондурас расположен на обширном плоскогорье, которое пересекается с востока на запад горными цепями:Монтесильос, Комаягуа и Опалака с наивысшей точкой страны горой Селаке (2 865 м). 80 % территории Гондураса покрыто горами, а низменности встречаются в основном только вдоль побережья. Глубокая тектоническая долина разделяет горные массивы с севера на юг, от истока реки Улуа до залива де Фонсека. Её длина от карибского побережья до залива составляет 280 км, а самая высокая точка её дна, что означает внутридолинный водораздел бассейнов двух океанов, достигает 940 м над уровнем моря. Другие две крупнейшие реки Гондураса — Патука и Агуан.Вдоль побережья Карибского моря расположены равнины Сан Педро Сула и Москитовый берег (в основном заболоченный). На северном побережье находятся банановые плантации. На Тихоокеанском побережье также расположена равнинная зона. На северо-востоке в низине находятся джунгли Ла Москита, которые были признаны всемирным наследием ЮНЕСКО, а также биосферный заповедник Рио Плато.
самая высокая точка — Сьерра Лас Минас (Cerro Las Minas) 2870 м. самая низкая точка — Карибское море 0 м. Природные богатства: лес, золото, серебро, медь, свинец, цинк, железная руда, сурьма, уголь, рыба, гидроэнергия; Использование земли: пахотная земля — 15 % под постоянный урожай — 3 % под постоянные пастбища — 14 % заповедники и леса — 54 % остальное — 14 %
Климат страны характеризуется как тропически пассатный с резкими различиями в количестве осадков на наветренных (северных и восточных) и подветренных склонах гор. Сезонные изменения температуры незначительны. Среднемесячные температуры на низменностях от +22 °C до +26 °C, на нагорьях от +10 °C до +22 °C.
Карибское побережье и другие районы республики до высоты 800 метров принадлежат к жаркой зоне, так называемой «тьерра кальенте», а основная часть страны лежит в умеренно-жаркой зоне («тьерра темплада»). Во внутренних районах территории страны и на юге осадков выпадает значительно меньше и сезон дождей приходится на май-октябрь. На Тихоокеанском побережье самые влажные месяцы с сентября по январь. В среднем по стране осадков выпадает до 3000 мм в год.Часты разрушительные тропические ураганы. В результате урагана «Митч» 1998 года было уничтожено почти 80 % посевов, погибло приблизительно восемь тысяч человек, и почти 20 % населения осталось без крова.