Через два года Сигизмунд Первый был второй раз провозглашен королем Чехии. Следствием этого стал приезд в страну огромного количества священников-католиков, немцев. Иностранцы жестоко расправлялись с гуситами, которые прятались от официальной власти. Все обещания, которые Сигизмунд давал во время коронации были отменены и нарушены, требования восставших не выполнялись, в Чехии началась реакция, которая усиливала позиции феодалов. Обычные люди страдали от преследований и налогового гнета.
В 1437 году Сигизмунд Первый умер, чехи и Национальная чешская партия не признали наследника императора, которым был Альбрехт Австрийский. Вместо него на престол в 1438 году выбрали Казимира Ягеллона, родного брата польского короля Владислава. Этого кандидата не приняли католики и умеренные чашники, бывшие участники гуситского движения. Разгорелась очередная междоусобица, в которую были втянуты чехи, поляки, австрийцы, немцы. В конце концов, католики в Чехии выбрали своего представителя на престол, им стал Мейнгард Нейгаузский, а чашники – Генрика Птачека, они воевали друг с другом. Но борьба закончилась ничем для них, поскольку Птачек умер, и чашники выбрали своим предводителем-старшиной Иржи (Юрия) Подебрада. Он арестовал противника Птачека, благодаря чему партия чашников стала правящей в стране. В 1458 году он был избран королем. Именно ему принадлежит слава того, кто разгромил остатки таборитского движения. Выжившие члены стали членами общины Чешских братьев, основанной в 1457 г. Участники этой организации стали проповедовать нравственное совершенствование.
Среди заслуг Иржи Подебрада были попытки ограничить произвол феодалов, шляхты, снизить их давление на крестьян. Помимо этого, король способствовал тому, чтобы активно развивались торговля и ремесла, повысил налоги. Подебрад всячески оказывал сопротивление императору Священной Римской империи и Папе Римскому, поэтому в Чехии длительное время существовала свобода вероисповедания. Этот принцип общественной и религиозной жизни был подтвержден при приемнике Подебрада – при короле Владиславе (Польша). В 1516 году Чехия стала составной частью Австрии, и на его престол сел Фердинанд Австрийский. Из-за этого свобода вероисповедания стала постепенно ограничиваться, из-за чего в стране усиливались преследования. Учения гуситов нашло отражение в учении общества Богемские братья.
Гуситские войны не только привели к власти нового короля, который старался поддерживать крестьян и плебс. Противостояние оказало огромное влияние на чехов и моравов, которые перед внешней угрозой объединились и длительное время оказывали серьезное сопротивление немцам. Большая часть общества боролась за независимое национальное государство, требовала проведения реформы церкви, что способствовало формирование чешского характера, самосознания и менталитета. Войны сторонников Яна Гуса стали предпосылкой для развития Реформации в Чехии, оказали огромное влияние на судьбу западных, восточных и южных славян.