Восставшие долго оборонялись. Царские войска оказались силнее, и в октябре 1607 года, восставшие сдались и выдали царским войскам Ивана Болотникова.
Пленного Болотникова сослали в Каргополь, где ослепили и утопили. Восстание Ивана Болотникова пошатнула начавшие складываться феодальные отношения. Крестьяне отсрочили окончательно закрепление крепостного права аж на сорок лет.