В настоящее время томичам известны пять местных речек: Томь, Ушайка с мелкими притоками, Басандайка, Киргизка и Кисловка.
Озера на территории Томска, которые находятся на Правом берегу Томи - их насчитывается больше 10: Белое озеро в районе ТГАСУ, озеро Керепеть в районе шпалопропиточного завода, Университетское озеро между Московским трактом и 2-м корпусом ТГУ, Мавлюкеевское озеро в Заисточье, Кочетово озеро, озеро в Горсаду, Игуменское озеро на ул. Карташова, на территории станции юных натуралистов (детского эколого-биологического центра) , озеро на территории Ботанического сада на ул. Мокрушина, пруд в посёлке спичфабрики, пруд Солнечный в микрорайоне «Солнечный» на реке Хромовка, пруд к югу от Иркутского тракта.
В Томске более тысячи родников. Самые известные из них: Родник Божья роса в пер. Островского, Заварзинские родники, Родник в лесопарке у Лесного озёра (между 2 и 3 микрорайонами и пос. Новый) ; Воскресенский ключ, расположен на берегу реки Ушайки, на склону ниже улицы Обруб; Дальний ключ, родник в пер. Тихий, , родник дал название улице Дальне-Ключевской. Родник Ренкуля, Родник Сергиевский, Студенческий ключ, находится у стадиона «Политехник» рядом с родниками Орловский и Ларисин ключ.