"сороконожка" и "сорокадневный" - это сложные слова. У обоих слов в первой части стоит числительное "сорок". Только в слове "сорокадневный" - используется форма родительного падежа, отсюда и соединительная гласная -а- (также может быть и гласная -и-) - это все отвечает правилу использования соединительных гласных в сложных словах..
А вот слово "сороконожка" - это исключение из правил, т.к. в сложном слове, имеющем в первой части слово "сорок" - используется соединительная гласная -о- (прим.:сорокоуст)