Потому что он хотел, чтобы она осталась жива. Иначе, если бы он её выдал люди Пугачева, да и сам Пугачев мог её убить, т. к, она была дочерью коменданта крепости. Швабрин не желал расскрывать ложь попадьи, у которой была Маша, для того, чтобы затем сделать её своей женой, заставить любыми способами её выйти за него замуж.