Інфузорії-туфельки є лабораторними тваринами, яких іноді використовують в порівняльних дослідженнях Найпростіших, а також в показових експериментах в наукових музеях, для приготування мікроскопічних препаратів, тощо. Штучне розмноження інфузорій поширене серед акваріумістів, які згодовують настій сіна, насичений цими тваринами (так званий «інфузорний пил»), новонародженим малькам дрібних видів риб.
Служить їжею для личинок, дрібних рибок, рачків.