Основные экологические проблемы Индийского океана, как и других частей Мирового океана, прежде всего связаны с антропогенными воздействиями на морские экосистемы и серьезными повреждениями устойчивости этих природных систем.
Воды Индийского океана испытывают различные виды загрязнений. Нефтяное загрязнение занимает особое место.
Регион Ближнего и Среднего Востока играет роль главного «нефтяного крана» в мировом хозяйстве. На него приходится более 2/3 всех запасов и 1/3 добычи нефти зарубежного мира. Особенно выделяется бассейн Персидского залива. Главные из морских грузопотоков нефти начинаются от крупнейших портов Персидского залива и идут к Западной Европе, Северной Америке и Японии.