Головна причина відмінності - це те, що прокаріоти не мають ядра, а еукаріоти - мають. У прокаріотів замість ядра у цитоплазмі знаходиться нуклеотид, а у еукаріотів ДНК знаходиться у ядерці.
і прокаріоти і еукаріоти мають мають цитоплазму, що заповнює внутрішнє середовище клітини, у якій розташовані різні включення і органели (у прокаріотів - це нуклеотид і рибосоми, а у еукаріотів - ядро, рибосоми, мітохондрії, комплекс Гольджі, ендоплазматична сітка (якщо рослинна клітина то ще- хлоропласти, вакуолі) і т. д.
прокаріоти мають джгутики, яких не має у еукаріотів