Основными островами архипелага являются (с севера на юг): Хоккайдо, Хонсю, Сикоку и Кюсю. Также в состав страны входят около 6800 меньших островов, включая Окинаву, некоторые из них обитаемы, а некоторые — нет. В общем, площадь Японии 377 915 км², из которых 374 744 км² составляет суша, а 3 091 км² — водное пространство. Япония по своему размеру больше, чем Германия, Малайзия, Новая Зеландия и Великобритания, она в 1,7 раз больше Кореи и в 10 — Тайваня.