Потому что данные буквы обозначают:
1 случай: в начале слова, после гласной, перед ь, после ъ они обозначают два звука, поэтому записываются как: [й'э], [й'о], [й'у], [й'а].
2 случай: буквы обозначают один звук и указывают на мягкость согласного, стоящего перед ними. Например: вера- транскрипция [в'эра], гласная е указывает на мягкость согласной в.