Он страдал маниакально-депрессивный психозом. Он умер 3 марта 1852 года, 6 марта он был предан земле на кладбище у Данилова монастыря. Спустя 79 лет его прах достали из могилы, чтобы перезахоронить заново (т.к монастырь был преобразован в колонию для малолетних преступников), но когда его могилу открыли, то увидели, что его череп был перевернут набок. Впомнились рассказы о том, как Гоголь боялся, что его похоронят заживо и даже завещал, чтобы его не хоронили, пока на теле не появятся признаки разложения. Появилось много гипотез, мол, его и переносили, и черепа могло не быть, и череп заменяли, и что его выкрали по просьбе фанатика из русского театра. Однако ни одна из гипотез не была доказана.