Особенностью фауны моря является распределение пресноводных и морских видов животных по различным районам. В северных, более пресных районах, особенно возле устьев рек, обитают, преимущественно пресноводные животные и виды, легко переносящие опреснение воды. Ближе к Датским проливам воды моря значительно солонее, поэтому здесь можно встретить много типично морских обитателей. Общий видовой состав моря скудный, но довольно богат в количественном выражении.
Бедность фауны моря объясняется и его молодостью, ведь в том виде, который оно имеет сейчас, его возраст исчисляется всего пятью тысячелетиями. По прогнозам ученых, пройдет еще 5000 лет, и Балтийское море вновь потеряет связь с океаном и превратится в большое пресное озеро. Многие формы морской жизни за такое короткое время просто не успели адаптироваться к местным условиям существования.