Елизавета решила и судьбу шотландской королевы, католички Марии Стюарт — умницы, красавицы, имевшей права на английский престол. Она заточила ее в тюрьму, а когда Марию уличили в заговоре, то велела казнить. Несмотря на этот акт, ей удалось наладить мирное сосуществование с Шотландией. Она нормализовала отношения с Францией, но с католической Испанией отношения были напряженные.
Филипп II негодовал из-за отказа. Кроме того, Елизавета поддержала протестантов в Нидерландах. Тогда он решил ее наказать и отправил свою флотилию — «Непобедимую армаду» в 130 судов.