Япония покрыта возвышенностями и низкими и средневысотными горами, они составляют свыше 75 % территории страны. Низменности располагаются отдельными участками вдоль побережий страны. Крупнейшая низменность — Канто, занимающая около 17 000 км²[33].
Основные хребты Хоккайдо являются продолжением цепей Сахалина и Курильских островов. Они протягиваются с севера на юг и с северо-востока на юго-запад. Высочайшая точка острова — гора Асахи (2290 м), расположена в районе их пересечения[33].
В северной части острова Хонсю находятся три продольные цепи средневысотных гор, разделённые долинами и котловинами. Осевое положение занимает хребет Оу, к востоку от него расположены хребты Китаками и Абукума, а к западу — хребты Дева и Этиго; центральные и западные цепи увенчаны вулканами. В средней части остров пересекает зона разломов под названием Фосса-Магна (длиной около 250 км), над которой возвышается ряд вулканов, в том числе самый высокий в Японии — Фудзияма (3776 м). В центральной части Хонсю расположены Японские Альпы — хребты Хида, Кисо и Акаиси, вершины которых большую часть года покрыты снегом. На юго-западе в пределах тектонического понижения находится равнина Кинки и озеро Бива. Две полосы гор — северная (внутренняя), протягивающаяся по оси западной части Хонсю, и южная (внешняя) — на полуострове Кии, островах Сикоку и Кюсю, разделяются этим тектоническим понижением, на западном продолжении которого расположено Внутреннее Японское море[33].
Наибольшая высота острова Сикоку — гора Исидзути (1981 м), острова Кюсю — вулкан Кудзю (1788 м). На островах Рюкю преобладают плато и низкогорья[33].