Поверхностные воды.
На территории республики протекают свыше 700 тыс. рек длиной более 10 км. 314 из них имеют длину более 100 км, а реки Колыма, Индигирка и главные притоки р. Лены - Олекма, Алдан, Вилюй по своим основным характеристикам превосходят почти все реки Европейской части России.
Основная водная артерия республики - река Лена входит по длине и по водности в десятку крупнейших рек мира.
На территории Якутии свыше 800 тыс. озер с площадью более 1 га каждое. Общая площадь зеркала этих озер, по оценочным данным, превышает 83 тыс. м2. Основная масса их сосредоточена в Яно-Колымской низменности. Озерность здесь местами доходит до 40% территории. Наиболее крупные озера: Моготоево - площадь 323 км2, Буустаах - 249 км2, Большое Морское - 205 км2, Ниджили - 119 км2. Оценочные запасы воды, содержащейся в озерах, 250-300 км3.
Болота занимают до 5% территории, т. е. 135 тыс. км2.
К водным ресурсам следует отнести и многолетнюю мерзлоту. В толще многолетней мерзлоты встречаются подземные льды. В среднем течении р. Момы расположена крупнейшая наледь - Улахан-Тарын (пл. ок. 100 км2). При 5-процентном среднем содержании воды в 10-метровом верхнем горизонте запасы воды в грунтах Якутии должны составить не менее 30 км3.
На высокогорных узлах Черского и Верхоянского выше границы вечных снегов наблюдаются незначительные локальные оледенения. Площадь ледников около 410 км2. Запас воды в них около 2 км3.
Таким образом, Якутия даже в самые маловодные годы располагает водным фондом только из поверхностных вод в объеме не менее 750 км3.
Тем не менее некоторые районы вододефицитны - в основном из-за особенностей функционирования гидросферы в условиях сурового климата и повсеместного распространения многолетней мерзлоты антропогенного и техногенного загрязнения рек и озер, а также из-за особенностей территориального распределения водоемов. Например, практически все малые и средние реки зимой промерзают до дна, сток в них в период промерзания нулевой.
Качество воды основных рек по среднегодовым показателям в последние годы не ухудшалось, оставалась большей частью на одном уровне - умеренное загрязнение. Содержание нефтепродуктов, фенолов, меди, цинка в воде рек в большинстве случаев превышало допустимые концентрации. Значительная часть этих веществ имеет антропогенное происхождение.
Основными источниками загрязнения воды Лены и ее бассейна являются суда речного флота, порты, нефтебаза, судоверфи. В формировании химического состава вод большинства водных объектов бассейна значительную роль играет подземное питание. Характерными загрязняющими веществами воды рек бассейна являются нефтепродукты, фенолы, соединения меди, уровень содержания которых составляет 3-4 ПДК. Вода рек бассейна Колымы в основном загрязнена взвешенными веществами, нефтепродуктами, фенолами, аммонийным азотом., соединениями меди и марганца.
Крупнейшими источниками поступления загрязняющих веществ в реки бассейна Колымы являются предприятия золотодобывающей промышленности и жилищно-коммунального хозяйства, а также поверхностный сток с территорий населенных пунктов и сельскохозяйственных угодий в период повышенной водности рек.
Подземные воды.
На территории республики учтено 169 действующих водозаборов подземных вол; в том числе 147 одиночных, 13 групповых и 9 централизованных.
По химсоставу подземные воды Южной Якутии пресные, гидрокарбонатного кальциево-магниевого состава.
На территории 3ападной Якутии подземные воды эксплуатируются одиночными водозаборами. Качество вод в основном стабильное, за исключением весеннего периода, когда происходит загрязнение паводковыми водами подземных горизонтов.
На территории Центральной Якутии подземные воды эксплуатируются для хозяйственно-питьевых и технических целей. В Якутске действует 5 групповых водозаборов и 25 одиночных водозаборных скважин. По химическому составу воды преимущественно гидрокарбонатного натриевого состава, практически пресные, стерильные. По органолептическим и токсическим показателям воды отвечают ГОСТу "Вода питьевая".