По усвоению углерода микроорганизмы делят на два типа: автотрофы и гетеротрофы. Автотрофы (от греч. autos - сам, trophe - питание) способны синтезировать сложные органические вещества из простых неорганических соединений. Они могут использовать в качестве источника углерода углекислоту и другие неорганические соединения углерода. Автотрофами являются многие почвенные бактерии (нитрифицирующие, серобактерии и др.) . Гетеротрофы (от греч. heteros - другой, trophe - питание) для своего роста и развития нуждаются в готовых органических соединениях. Они могут усваивать углерод из углеводов (чаще всего глюкозы) , многоатомных спиртов, органических кислот, аминокислот и других органических веществ.
Аминоавтотрофы для синтеза белка клетки используют молекулярный азот воздуха (клубеньковые бактерии, азотобактер) или усваивают его из аммонийных солей. Аминогетеротрофы получают азот из органических соединений - аминокислот, сложных белков. К ним относят все патогенные микроорганизмы и большинство сапрофитов.
Гетеротрофы представляют обширную группу микроорганизмов, среди которых различают сапрофитов и паразитов. Сапрофиты (от греч. sapros - гнилой, phyton-- растение) получают готовые органические соединения от отмерших ©рганизмов.