У ланцетника нервова система представлена нервовою трубкою, яка знаходиться на спинний стороні тіла. У той час як у безхребетних нервовий ланцюжок знаходиться на черевній стороні.
У ланцетника кровотік йде так, що на черевній стороні кров рухається вперед (від заднього кінця тіла до переднього), а на спинний – назад (від переднього до заднього). У безхребетних все навпаки.
Положення нервової системи і рух крові говорить про те, що ланцетник – це як би перевернуте безхребетні тварини, у якого черевна сторона тіла стала спинний.
Ланцетник дихає не всім тілом, а через рот, звідки струм води омиває зяброві капіляри (тут кисень потрапляє в кров) і віддаляється через зяброві щілини. Розвитку такого дихання міг сприяти спосіб життя ланцетника. Часто він заривається в пісок і виставляє назовні передній кінець тіла.