Потому что главный герой был влюблен в дочку коменданта. Конечно она была дочкой, не капитана, а коменданта, но нет такого выражения ,,Комендантская дочка"
Но есть и другой вариант. Хоть главный герой и Гринёв, но большинство действий происходит с Машей. Так Маша становится Главным героем книги. Без Маши это книга была бы другая. Она ,,Капитанская" дочка, не потому что дочка, а по своему характеру. Ведь капитаны смелые, и их дети, значит тоже смелые. О том, что дети морских капитанов смелые, можно узнать в книге ,,Два Капитана", если смотреть на Катю.