Патриарх Филарет (в миру Феодор Никитич Романов-Юрьев) родился около 1553 года. Он принадлежал к одному из видных боярских родов. Феодор Никитич был племянником Иоанна Грозного (сыном брата его супруги Анастасии Романовны). С юных лет, воспитываясь в придворной обстановке, он был широко образован, обладал прекрасными душевными качествами, приятной внешностью, был любим народом, принимал видное участие в государственных делах, которыми любил и умел заниматься.
После смерти царя Феодора он стал одним из законных претендентов на Русский трон, и многие хотели именно его видеть царем. Подвергнутый опале при Борисе Годунове, он был пострижен в монашество с именем Филарет и отправлен в монастырь святого Антония Сийского В Архангельской губернии. Смирившись перед волей Божией, Филарет стал искренне подвизаться по всем правилам строгой православной аскезы и так в этом преуспел, что вызвал большое уважение и почитание в церковном мире. После смерти Бориса Годунова в 1606 году его возводят в сан митрополита Ростовского. В том же году он участвовал в прославлении святого царевича Димитрия и перенесении его мощей в столицу.
В Смутное время самозванец Лжедимитрий II, захватив митрополита Филарета в плен, нарек его «Патриархом Московским». Авраамий Палицын писал, что тушинцы держали своего патриарха в неволе, «блюли того всегда крепкими сторожми и никакоже ни словеси, ни помавания дерзнути тому дающее». Патриарх Гермоген знал это и в своих грамотах писал, что молит Бога о тех, «которые взяты в плен, как и Филарет митрополит и прочие, не своею волею, но нужею».