Враховуючи різноманітність каталізованих бактеріями хімічних реакцій, не дивно, що вони широко використовуються у виробництві, в ряді випадків з глибокої давнини. Славу таких мікроскопічних помічників людини прокаріоти ділять з грибами, в першу чергу - дріжджами, які забезпечують більшу частину процесів спиртового бродіння, наприклад при виготовленні вина і пива. Зараз, коли стало можливим вводити в бактерії корисні гени, примушуючи їх синтезувати цінні речовини, наприклад інсулін, промислове застосування цих живих лабораторій отримало новий потужний стимул.
В даний час бактерії застосовуються цією галуззю в основному для виробництва сирів, інших кисломолочних продуктів і оцту. Головні хімічні реакції тут - утворення кислот. Так, при отриманні оцту бактерії роду Acetobacter окислюють етиловий спирт, що міститься в сидрі або інших рідинах, до оцтової кислоти. Аналогічні процеси відбуваються при квашенні капусти: анаеробні бактерії зброджують цукор, що містяться в листках цієї рослини, до молочної кислоти, а також оцтової кислоти і різних спиртів.