Потому что Молчалин никаких особых достойнств и качеств не имеет. Он заискивает перед другими, молчит вместо того, чтобы высказывать свое мнение, льсит, притворствует, он, одним словом, человекоугодник. Чацкий это понимает, в то время, как другие обольщены лестью Молчалина.
А Софья не видет этих качеств, т. к, влюблена в Молчалина, который оказывает ей знаки внимания, но совершенно не любит её.