Багато РНК беруть участь в модифікації інших РНК. Інтрони вирізують з про-мРНК сплайсосомою, яка, крім білків, містить декілька малих ядерних РНК (мяРНК). Крім того, інтрони можуть каталізувати власне вирізання (аутосплайсинг).
Синтезована в результаті транскрипції РНК також може бути хімічно модифікована. У еукаріотів хімічні модифікації нуклеотидів РНК, наприклад, їх метилювання, виконується малими ядерними РНК (мяРНК, 60—300 нуклеотидів). Цей тип РНК локалізується в ядерці і тільцях Кахаля.
Після асоціації мяРНК з ферментами, мяРНК зв'язуються з РНК-мішенню шляхом утворення пар між основами двох молекул, а ферменти модифікують нуклеотиди РНК-мішені.
Рибосомальні і транспортні РНК містять багато подібних модифікацій, конкретне положення яких часто зберігається в процесі еволюції. Також можуть бути модифіковані мяРНК і самі мяРНК.
Трансляція
тРНК приєднують певні амінокислоти в цитоплазмі і направляється до місця синтезу білка на мРНК де зв'язується з кодоном і віддає амінокислоту, яка використовується для синтезу білка.
Інформаційна функція
У деяких вірусів РНК виконує подібні функції, як ДНК у еукаріотів. Також інформаційну функцію виконує мРНК, яка переносить інформацію про білок і є місцем його синтезу.
Регуляція експресії генів
Деякі типи РНК беруть участь у регулюванні експресії генів збільшуючи чи зменшуючи їх активність. Це так звані міРНК (малі інтерферуючі РНК), мікроРНКта піРНК. З'єднуючись з білками аргонавтами, ці молекули РНК утворюють комплекс RISC, який пригнічує трансляцію білка.
Каталітична
Є так звані ферменти, які відносяться до РНК. Вони називаються рибозами. Ці ферменти виконують різноманітні функції і мають своєрідну будову.