20 марта 1911 г. в пещере в лесистом районе г. Киева Загоровье был обнаружен труп 12-летнего Андрея Ющинского , пропавшего 12 марта. Прибывшие на место происшествия полицейские , нарушив требования инструкции , расчистили снег у входа , сдвинули тело , неоднократно брали в руки вещи покойного. Некомпетентные действия городовых , уничтоживших следы на месте преступления , лишили следствие в самом его начале важных улик и сделали бесполезными фото- , микроскопические и дактилоскопические исследования .
Уже поверхностный осмотр трупа показал изуверский характер преступления : множественные колотые раны покрывали грудь , спину , шею и голову жертвы. Погибший ребенок был одет не полностью - отсутствовали форменная шинель , в которой он отправился в ремесленное училище , а также штаны. Рядом с телом была брошена фуражка Андрюши Ющинского с тремя проколами в центре и следами крови на внутренней стороне , тут же был найден и вязаный чулок с левой ноги. Чулок , очевидно , сполз при затаскивании тела в пещеру - внутри была обнаружена глина. Кроме того , много глины было и внутри кальсон погибшего. Руки мальчика были заведены назад и связаны. Анализ расположения тела и вещей внутри пещеры наводил на мысль , что тело втащили спиной вперед , за руки волоком в сидячем положении .
Чудовищный характер поранений и тот факт , что мальчик пропал накануне еврейской Пасхи немедленно вызвал подозрение на ритуальное убийство. Принимая во внимание общественный резонанс и всеобщее внимание к следствию , расследование убийства 22 марта 1911 г. было поручено судебному следователю по особо важным делам Киевского окружного суда Фененко Василию Ивановичу .
Следует пояснить , что в дореволюционной России полиция могла осуществлять самостоятельный розыск преступника лишь в течение первых суток с момента совершения преступления , по горячим следам. В дальнейшем расследование передавалось судебному следователю , по отношению к которому полицейские чины находились в подчиненном положении. Общее наблюдение за ходом расследования , передачу документов в суд и поддержку обвинения в суде осуществлял прокурор судебной палаты. Полиция относилась к Министерству внутренних дел , судебная палата - к Министерству юстиции. Этот нюанс весьма важен для понимания некоторых обстоятельств "дела Бейлиса".
22 марта было произведено первое вскрытие тела доктором Т. Н. Карпинским ( его текст воспроизведен в рубрике “Архив” ). Высказанное им 24 марта заключение было признано В.И.Фененко неудовлетворительным : оно не давало ответов на вопросы , принципиальные для дальнейшего продвижения следствия .
Поэтому 26 марта было произведено повторное анатомирование. Перед экспертами - деканом медицинского факультета Киевского университета Н.А. Оболонским и прозектором кафедры судебной медицины Н.Н.Туфановым следствием были поставлены следующие вопросы : каков характер нанесенных Ющинскому повреждений ? время наступления и причина смерти ? свойства употребленных орудий и количество участвовавших в убийстве лиц ?
В результате двух вскрытий тела была удалена крышка черепа и сердце , имевшие сквозные проколы , а также кожа с запястий обеих рук , на которой отпечатались следы веревки. Все это было приобщено к делу в качестве вещественных доказательств. Вместо извлеченной черепной крышки была вставлена другая , несколько большего размера ; это объясняет некоторую непропорциональность головы , заметную на представленных фотоснимках .
Оформление результатов экспертизы заняло почти месяц. Письменное заключение было приобщено к делу 25 апреля 1911 г. Но уже предварительные результаты , сообщенные следствию , дали богатую пищу для размышлений .
Экспертиза установила , что мальчику были нанесены в общей сложности 45 колотых ран , из них 13 поверхностных в правый висок , а также проникающие уколы в левый висок , на темени , районе яремной вены на шее , сквозные проколы сердца , печени , почек , легких со стороны груди и спины. Из всех полученных ранений только рана в сердце была безусловно смертельной. И именно она была последней или одной из последних по времени нанесения. Непосредственной причиной гибели мальчика эксперты указали острое малокровие , как следствие полученных повреждений. Отсутствие кровоизлияния в перикардии указывало на то , что сердце прокалывалось в последнюю очередь , когда оно уже остановилось , либо его деятельность существенно ослабла. Врачи оценили потерю крови Ющинским в 2/3 всего ее количества. Неглубокая пещера в песчаном берегу Днепра не могла быть местом преступления , тело было перенесено сюда после убийства. Эксперты уверенно предположили , что один человек не мог совершить столь сложное преступление.