Фауна і флора Індійського океану мають схожість з органічним світом західній частині Тихого океану, що пояснюється вільним обміном між цими океанами через моря і протоки в районі Індонезійського архіпелагу. Положення більшої частини акваторії Індійського океану в смузі від тропічних до помірних широт створює сприятливі кліматичні та гідрологічні умови для розвитку тут різноманітного органічного світу.
Океану в цілому властива невисока біопродуктивність - 35-40 кг / км2. В Індійському океані виділяють дві біогеографічні області - тропічну і помірну. Тропічна область характеризується винятковим багатством планктону. Особливо рясно «цвітіння» одноклітинної водорості тріходесміум, в результаті чого поверхневий шар води мутніє і змінює своє забарвлення. Фітобентос представлений бурими водоростями, Саргасове, турбінаріямі, із зелених водоростей багата каулерпи.