Права на компьютерную программу можно зафиксировать регистрацией в Государственной службе интеллектуальной собственности и депонированием исходников, получив свидетельство установленной формы.
Альтернатива регистрации - публикация, например, выкладка исходников в открытом доступе, поскольку права на программу, как объект авторских прав, возникают в случае, если произведение выражено в какой-либо объективной форме.Однако, можно полагать, что этот вариант Вас меньше устроит, если намерены коммерциализовать свою разработку.
Поэтому в целом описание приложения (методику) предпочтительно держать в режиме "ноу-хау", т.к. депонирование его содержания (рукописи, распечатки) не даст адекватной защиты от использования третьими лицами. Поскольку у Вас не литературно-художественное произведение, а по сути научно-техническая разработка. Первое обычно заимствуется текстуально, а второе достаточно понять и ухватить заложенные идеи, чтобы далее самостоятельно доработать и использовать.
Также можно попытаться запатентовать разработку, для чего нужно представить ее в виде технического решения, без чего патентование невозможно ни в качестве изобретения, ни полезной модели.