Форма тела пресмыкающихся очень различна. Ящерицеобразное сложение, свойственное большинству представителей класса, в разных группах его представляет весьма значительные видоизменения. У одних туловище вальковатое, удлиненное, у других оно сравнительно коротко и приплюснуто сверху вниз. Виды, хорошо лазающие по деревьям и кустарникам, часто имеют сжатое с боков туловище.
Столь же различна форма хвоста. У хорошо бегающих ящериц он обычно длинен и играет существенную роль в движениях. У крокодилов он сильно сжат с боков и служит мощным органом движения в воде. У хамелеонов и некоторых ящериц хвост цепкий.
Еще большее разнообразие наблюдается в строении конечностей. Если исключить змей, то громадное большинство остальных рептилий имеет две пары ног. У немногих ящериц отсутствуют передние или еще реже только задние конечности; чаще недоразвиты или отсутствуют в равной степени обе пары ног.
У многих ящериц, крокодилов и черепах хорошо развитые конечности вполне могут поддерживать тело приподнятым над землей. Некоторые ящерицы могут бегать даже на одних задних, сильно удлиненных ногах. Только пресмыкающиеся с короткими ногами в полной мере оправдывают свое название, так как при движении их брюхо постоянно касается земли. Недоразвитие конечностей у ящериц всегда сопряжено с удлинением тела.
Совершенно своеобразна форма тела у черепах, короткое и широкое туловище которых заключено в панцырь.
Кожа пресмыкающихся лишена желез и несет роговые образования в форме чешуй, щитков или панцыря, которые предохраняют тело от потери влаги и защищают его от повреждений при соприкосновении с твердыми предметами окружающей среды.
Утолщение рогового слоя надкожицы (эпидермиса) происходит обыкновенно. небольшими участками, между которыми эпидермис остается более тонким и эластичным. Благодаря этому животное не стеснено в движениях. Роговые кожные образования очень различны. Простейшие из них представляют собой однородные зернообразные утолщения, покрывающие значительную часть тела гаттерии, гекконов и хамелеонов. Подобные бугорчатые чешуйки у других пресмыкающихся имеются, как правило, на веках и на нижней стороне лап. В иных случаях мелкие бугорчатые чешуйки превращаются в более крупные конические или кялеватые чешуи. В результате дальнейших видоизменений кожных покровов образуются разной величины щитки округлой или многоугольной формы. Правильные и симметрично расположенные щитки покрывают голову многих ящериц, змей и некоторых черепах. Наконец, необходимо указать на черепицеобразную чешую, особенно характерную для змей и для большинства ящериц. В этом случае округлые или угловатые чешуи своими задними краями свободно налегают на основания последующих чешуй. Часто такие чешуи снабжены продольным килем или шипиком на свободной вершине. Сильно вытянутые, сжатые с боков чешуи треугольной или мечевидной формы образуют у некоторых ящериц гребень вдоль спины и хвоста. Иногда чешуи видоизменяются в шипы, иглы и иной формы выросты.
Все перечисленные формы покровов представляют собой утолщения собственно кожи (кориума), облеченные эпидермисом, наружные слои которого подвергаются сильному ороговению. Часто в собственно коже залегают окостенения, подстилающие роговые образования эпидермиса. Так, у гекконов под бугорчатыми чешуйками в кориуме находятся известковые зернышки. У веретеницевых и сцинковых их округлую «рыбью» чешую подстилают плоские костные пластинки. У крокодилов под крупными роговыми щитками на спине лежат прямоугольные костные пластинки, соединенные между собой сочленениями. Здесь имеется уже в большей или меньшей степени выраженный костный панцырь, заложенный в коже. У черепах кожные костные пластинки уже очень рано срастаются с некоторыми элементами внутреннего скелета и у большинства видов образуют сплошные костные щиты, спинной и брюшной.