Все из-за строения атома. У атома есть отрицательно заряженные электроны, положительно заряженные протоны и нейтральные нейтроны.
Кол-во электронов всегда равно количеству протонов(Например: Li(литий) 3 электрона, 3 протона электрон -, протон +, следовательно +3-3=0. А в случае с ионами, кол-во протонов или электронов больше.