Главными причинами незавершенности и противоречивости столыпинской аграрной реформы исследователи называют:
1) Аграрная реформа проводилась собственно всего 8 лет и фактически прекратилась в 1914 г. с началом I мировой войны, в которой участвовала Россия. Аграрные преобразования в России оказались ограниченными во времени. Но не только реформа была прервана неблагоприятными обстоятельствами, но и начиналась она запоздало не в 1902 г. со времени “Особого совещания” С.Ю. Витте, а только с 1905 – 1906 гг., когда в стране уже бушевала революция и трон зашатался под Николаем II. Е.Г. Плимак и И.К. Пантин на наш взгляд справедливо считают: “Так, из-за царского упрямства и были потеряны те годы, которых не хватило Столыпину для проведения реформы, царь “украл” у реформаторов бесценное время…”.
2) Темпы реформы сдерживались сильными устоявшимися общинными традициями и укоренившимся общинным укладом жизни в российской деревне. Многим крестьянам было трудно порвать со своей общиной и начать вести собственное единоличное хозяйство. Значительная часть общинного крестьянства не только не принимало эту реформу, но и противодействовало ей. Эта часть крестьян оказывала сопротивление проводимому правительством курсу, так как ассоциировала его с политикой, ведущейся только в угоду помещикам и кулакам – “мироедам”. В сложившейся обстановке для правительства зачастую единственным путем проведения реформы был путь насилия над большой частью крестьянства. Конкретные способы насилия были самые разнообразные – от запугивания сельских сходов до составления фиктивных договоров, от отмены решений сходов земским начальником до вынесения постановлений уездными землеустроительными комиссиями о выделении домохозяев для получения “согласия” сходов до высылки противников выдела. То есть, правительство вынуждалось складывающейся ситуацией применять авторитарные методы при проведении преобразований.
3) Противодействие (скрытое и явное) реформаторскому курсу Столыпина со стороны крайне консервативной части правящих кругов России.Это выражалось в постоянных конфликтах с консервативным Государственным Советом. Император Николай II часто занимал колеблющуюся и даже враждебно-сдержанную позицию по поводу проводимых Петром Аркадьевичем политических мероприятий. Против Столыпина активно выступал влиятельный царедворец Трепов. “Недоброжелательно” был к реформатору настроен Г. Распутин – фаворит царской семьи. Слабость административной поддержки реформаторской политики вообще в бюрократическом аппарате тогдашней России.
4) С другой стороны, депутаты Государственной Думы часто препятствовали принятию реформаторских законов Столыпина. Ему приходилось постоянно бороться со своими политическими противниками в стенах Думы. Это были фракции крайне правого шовинистического толка (обвинявшие Столыпина в разрушение русской общины – традиционной основы бытия русского человека) и фракции представителей социалистических партий эсеров, меньшевиков, большевиков (считавших, что Столыпин насаждает в деревне оголтелый капитализм, разрушающий первичную ячейку социализма в России - общину и укрепляющий самодержавие). Столыпину пришлось осуществлять свою реформу в условиях разгула революционных событий и сопровождавшего их террора. Русский реформатор оказался в результате жертвой революционного террора. На него и его семью совершались покушения террористов. В итоге в 1911 г. Столыпин был застрелен в Киеве террористом Богровым. Так реформа лишилась своего главного проводника в правительственных кругах.