В годы гражданской войны Советы как политический орган потеряли свою силу. В системе советов существовали оппозиционные силы, иногда даже контрреволюционные (или радикально антибольшевисткие) , даже после запрещения партий меньшевиков и эсеров их представители продолжали сидеть в Советах. В итоге везде и повсеместно по стране реальная власть концентрировалась в руках большевиков.
Интересно что в самой партии далеко не все рассматривали это как норму, считая скорее временной необходимостью вызванной обострением классовой борьбы. Ленин после гражданской войны высказывался на тему возвращения Советам реальной власти.
В период НЭПа имело место относительная демократизация Советов, но эта тенденция на корню была пресечена к году этак 27-28, с победой Сталина над правой оппозицией (Бухарин, Рыков, Томский) .
Важно отметить что в самой партии государственные функции переходили к секретариату. Должность генсека при Ленина и во время гражданской была во многом технической. После гражданской, во многом благодаря самому Сталину эта должность фактически превратилась в формальную (или формализованную) должность Руководителя всей партии. До этого в партии не было должности для лидера, Ленин был всего лишь членом ЦК и Политбюро, его лидерство определялось лишь моральным авторитетом в партии. Сталин завязывал на себя и на секретариат все нити государственного управления (силовые структуры, хозяйственные, внутри- и внешнеполитические) . Троцкий по по поводу бюрократического перерождения партии большевиков говорил (цитата не дословная) , что в партии голову революции перевесил свиной зад бюрократии.
Таким образом, но мой взгляд надо говорить не о сращивании государственного и партийного аппарата, а о присвоении партийным аппаратом себе государственных функций.