У Михаила было сложное детство. Борис Годунов постриг в монахи его отца Фёдора (Филарет) и мать, он был фактически лишен родителей. Это повлияло на формирование характера юноши. Он много читал и много знал.
С приходом Михаила на трон власть была у его отца Филарета, который был возвращен из монастыря.