Караханидское государство делилось на уделы, в которых правили члены караханидского рода — хаканы и илеки; центральная власть была слабой. Столицами Караханидского государства были Кашгар, Баласагун, Узген, затем снова Кашгар. Столицей Западного Караханидскогоханства был Самарканд .