У великокняжеской власти с церковью складывались особые отношения. У церкви имелась своя система управления и суда, огромные земельные богатства. Великий князь стремился установить контроль над церковью и отобрать ее владения. Для этого Иван 3 использовал внутрицерковную борьбу нестяжателей и иосифлян. Нестяжатели во главе с Нилом Сорским говорили о недопустимости для церкви обладания богатствами, землями, крестьянами. Иосифляне во главе с Иосифом Волоцким выступали за богатую, сильную церковь и умножение ее земельных владений. На церковном соборе 1503 г. победу одержали иосифляне. Иван 3, симпатизировавший поначалу нестяжателям, был вынужден встать на сторону иосифлянского большинства. В условиях борьбы с княжеско-боярской оппозицией поддержка церкви была для великого князя очень важна.