Кишечник начинается с тонкой кишки, в которую впадают желчный проток и проток поджелудочной железы. Эти два протока доставляют в кишку желчь и ферменты, расщепляющие белки до аминокислот, жиры — до глицерина и жирных кислот, полисахариды — до сахаров.
В кишечнике помимо расщепления питательных веществ происходит их всасывание в кровь, наиболее интенсивно протекающее в заднем участке. Этому способствует складчатое строение стенок кишечника; наличие в них выростов, пронизанных капиллярами и лимфатическими сосудами; наличие клеток, вырабатывающих слизь; длина кишечника: у толстолобика она в 16 раз больше длины тела.
Кишечник заканчивается анальным отверстием, обычно находящимся в задней части туловища, перед половым и мочевым отверстиями